Il Comitato rispecchia i temi del museo e comprende secondo questa struttura:

Avv. Stefania Lunardi
Presidente del Comitato Tecnico Scientifico del Museo dei Colli Euganei

Dott.ssa Giulia Deotto
Direttore del Museo

Tutela dei beni e delle storie del territorio:
Soprintendenza Archeologia Belle Arti Paesaggio per l'area metropolitana di Venezia e le provincie di Belluno, Padova e Rovigo

Archeologia:
prof. Paola Zanovello (Università degli Studi di Padova)

Paesaggio:
prof.ssa Benedetta Castiglioni (Università degli Studi di Padova)

Natura e storie dei Colli:
prof. Antonio Mazzetti (storico locale)

Turismo:
prof. Stefan Marchioro (Regione del Veneto)

Curatori delle sezioni:
didattica - dott.ssa Mara Orlando,
storie dai borghi di Galzignano e Valsanzibio - Osvaldo Orlando

Il Comitato scientifico è responsabile anche della Collana di studi del Museo, che ha direzione con Stefania Lunardi, Giulia Deotto, Osvaldo Orlando.